2. À la recherche du technodrome

Le Shredder kidnappe Splinter dans le but d'attirer les Tortues à sa propre cause. Afin de sauver Splinter, les Tortues doivent pénétrer dans la forteresse mobile du Shredder, le Technodrome, et braver ses dangereuses armes. Même si elles y parviennent, elles doivent affronter le Shredder lui-même, qui est armé non seulement de la nature de leur origine, mais aussi de ses propres sbires mutants, Bebop et Rocksteady.

3. Les mangeurs de rats

Le scientifique Baxter Stockman a créé un robot chasseur de rats: Mouser. Shredder développe alors une grande production de ces robots pour se débarasser de son ennemi Splinter.

4. Les visiteurs de la Dimension X

Grâce à l'équipement de Baxter, les Tortues se construisent un véhicule armé pour affronter Shredder. De son côté, Shredder ouvre un portail dimensionel dans l'espoir de récupérer de puissantes armes.

5. Un vrai combat de ninja

Shredder attire Splinter dans le Technodrome, cette fois avec la promesse qu'une arme en sa possession peut redonner forme humaine au sensei. Les Tortues affrontent un Krang géant, désormais doté d'un nouveau corps, en plein cœur de New York. Ils combattent ensuite les troupes de la Dimension X à l'intérieur du Technodrome, ce qui a pour effet de bannir la forteresse et ses occupants insidieux dans la Dimension X elle-même.